La Laguna Limpiopungo es el resultado morfológico de los lahares del Volcán Cotopaxi, formada por el derretimiento de los casquetes de hielo y nieve al ponerse en contacto con flujos piroclásticos y/o lavas. Las características físicas demuestran que se trata de una laguna mesotrófica, por lo cual su agua es un tanto turbia; en la parte céntrica y profunda conserva una tonalidad azul, su temperatura promedio es de 10 °C.

La laguna está en peligro de desaparecer, debido a la desviación de sus fuentes hídricas de alimentación para labores de riego; ocasionando el rápido crecimiento del pantano cubierto con totoras que rodea buena parte de su orilla. Se encuentra formando parte del Parque Nacional Cotopaxi.

Esta laguna es el hábitat de gaviotas andinas (Larus serranus), gallaretas (Fúlica sp.), el pato andino (Anas andhun), y gligles (Vanellus replendens). Entre la vegetación arbustiva se pueden observar conejos (Sylvilagus brasiliensis) y lobos de páramo (Pseudalopex culpaeus), así como el vuelo de quilicos (Falco sparveirus) y curiquingues (Phalcoboenus carunculatus). Desde la laguna es posible observar las huellas que han dejado las antiguas erupciones volcánicas del Cotopaxi.

Al realizar una caminata por los alrededores de la laguna, la vegetación arbustiva predomina y se puede encontrar la flor del andinista (Chuquiragua jussieui), romerillo de páramo (Hypericum laricifolium), entre otros.